Perdi todos os meus, milhares de marcadores, finalmente encontrei uma solução viável em um fórum do google, aqui está, parabéns ao Leo, todas as outras soluções falharam:
Leo.MeltLevel 2
04/09/12
No win7, seus favoritos são armazenados em C: \ Usuários \ NOME DO USUÁRIO \ AppData \ Local \ Google \ Chrome \ Dados do usuário \ Padrão
Existem dois arquivos aqui:
Marcadores e Marcadores.bak
Clique com o botão direito em um deles e clique em "restaurar versões anteriores". Ele procurará outras versões por um tempo e lhe dará 3 versões anteriores para escolher. Escolha o mais recente. Faça o mesmo para o outro arquivo. Agora ative o Chrome e seus favoritos estão de volta. Se eles não estão de volta, tente restaurar e versão mais antiga desses arquivos.
Eu aconselho salvar uma cópia de ambos os arquivos para uma pasta separada (um pen drive também) a cada poucos meses.