Você tem um programa como GIMP , que permite criar camadas e ajustar sua transparência?
Você tem tempo para montar manualmente essa imagem ou é algum tipo de exercício acadêmico em que deseja encontrar o software que será montado automaticamente para você?
Porque a primeira coisa que me veio à mente foi importar cada fragmento de imagem para uma imagem do Photoshop. O primeiro fragmento que você importa deixa você sólido. Cada imagem subseqüente que você importa, você coloca uma nova camada e torna-a transparente ... e se move até alinhar.
Infelizmente ...
I would like to assemble the images to recompose the whole picture.
e
The solution may detect automatically how to position each images, and produces the final image
parece estar em conflito até certo ponto. O primeiro implica que você quer fazer isso. O segundo implica que você quer que o software faça isso para você. Minha solução satisfaz as condições da primeira declaração, mas não a segunda.
EDIT - Eu removi a referência ao Adobe Photoshop, que custa dinheiro, e substitui pelo GIMP (assim como um link para ele) que é gratuito.