Sugiro mencoder . Esta é uma parte do mplyaer e pode ser usada na linha de comando:
mencoder -oac copy -ovc copy -o final.avi part1.flv part2.flv part3.flv
Normalmente, -oac e -ovc são para codecs especiais de áudio e vídeo. Neste caso, os comandos dizem que apenas devem (transmitir) copiá-los. A opção -o fornece o nome do arquivo de saída.
A saída pode ser forçada para FLV, mas isso é atualmente com bugs, e você receberá a seguinte mensagem se tentar adicionar -of lavf :
LEMBRE-SE : O muxing libavformat do MEncoder está atualmente quebrado e pode gerar Arquivos INCORRECT na presença de quadros-B. Além disso, devido a erros MPlayer vai jogar esses arquivos INCORRETOS como se nada estivesse errado!
De acordo com o seu comentário, você recebeu o erro:
O formato de áudio 0x4134504d é incompatível com '-oac copy', por favor tente '-oac pcm' ou use '-fafmttag' para substituí-lo.
De acordo com uma entrada de blog , isso é causado pela tentativa de converter áudio AAC. Nesse caso, você pode tentar -oac mp3lame .
Caso contrário, adicione a opção -fafmttag mais um código para o seu codec de áudio. Normalmente o mplayer tem um arquivo etc/codecs.conf . Lá você encontrará quais códigos mapeiam para qual codec. Este arquivo nem sempre existe.
Se isso não funcionar, você também pode recodificar o áudio. No entanto, isso é muito complexo para descrever nesta resposta. Você precisa olhar para a página do manual ou fazer outra pergunta aqui.