OK, então eu encontrei um jeito. Lembre-se que não é bonito:
- Duplique o objeto A e mova a duplicata para um local vazio.
- Selecione a duplicata isolada e exporte a seleção como um bitmap.
- Importe o bitmap exportado e aplique
Path > Trace bitmap...
com 2 cores. - Reajuste o tamanho e a localização sobre o objeto original A
- Excluir A.
- Agora,
Path > Difference
funcionará.