Eu quero fazer isso também, porque ao interagir com bots, por exemplo o bot ZNC, a fonte precisa ser monoespaçada para as tabelas ASCII que o bot envia para parecer OK.
Por outro lado, a fonte proporcional para todas as outras conversas é mais fácil de ler.
No entanto, até onde eu sei, não há nenhuma maneira de fazer isso com o Pidgin , além de sua interface de usuário de seleção de fontes foi uma uma bagunça desde 2007, sem qualquer progresso sendo feito nessa frente.