Como você tem uma vpn funcionando, não precisamos mais nos preocupar com a seleção de caminho ou a travessia do firewall, praticamente qualquer ferramenta de sincronização bidirecional funcionará. Eu gosto do Microsoft SyncToy, por exemplo.
Para fazer isso funcionar, basta escolher um computador para ser o mestre e configurar um par de sincronização entre o mestre e cada um dos outros computadores (3 pares de sincronização no total).