Se você conhece o C ++, isso é facilmente possível.
Você precisará escrever extensões personalizadas do Shell que alterem a maneira como o Explorer vê arquivos e pastas. Você pode fazer itens pertencer a mais de uma pasta (você pode definir o que quiser como uma pasta). Você também pode escrever folhas de propriedades personalizadas, que são as guias que aparecem quando você clica com o botão direito do mouse e clica em Propriedades.