Você pode usar o Jedit com o plugin "MarkerSets" para marcar locais específicos em vários arquivos e, em seguida, movê-los rapidamente usando as teclas de atalho que você definiu para suas funções. Eu, por exemplo, uso essas combinações:
Mark at caret location: Ctrl-p m
Next mark in the actual set: Ctrl-p o
Previous mark in the actual set: Ctrl-p l
Você pode definir "conjuntos" de marcas para agrupar pontos relacionados. Quando você cria uma marca, dependendo do "conjunto ativo", uma cor diferente é usada para representá-lo. Uma boa característica para não se perder na presença de muitos marcadores.