O Synaptic foi conhecido por ser suscetível às configurações de acessibilidade. Você pode corrigir o problema abrindo Acesso universal e desativando o leitor de tela. Se o leitor de tela já estiver desabilitado, habilitá-lo e desabilitá-lo novamente corrigirá o problema.
Como alternativa, você pode executar o seguinte comando em um terminal para corrigir o problema:
gsettings set org.gnome.desktop.interface toolkit-accessibility false