Isso deve acontecer automaticamente se o seu gerenciador de janelas suportar as extensões Xinerama (sim, mesmo se você estiver usando o nVidia TwinView sem o Xinerama.) Eu uso impressionante como meu gerenciador de janelas e ele lida com isso perfeitamente - nenhuma janela é mostrada nas áreas fora da tela.
Como alternativa, você pode alternar para telas X separadas, em vez de usar o TwinView / Xinerama. Esse método remove qualquer área fora da tela, às custas de não conseguir mover as janelas entre as telas.