Como você está usando o gnome, você pode adicionar o escalonamento de frequência da cpu monitore para o seu painel e diminua manualmente a freqüência da cpu. Há uma nova versão para o Unity, então não misture isso.
O fato de que ele superaquece e desliga devido ao calor parece indicar que algo pode estar errado. Talvez o seu ventilador e dissipador de calor estejam entupidos com poeira? Talvez o Windows baixe de maneira inteligente o cpu devido ao calor enquanto o Ubuntu não funciona?
Estou usando o Ubuntu 11.10 e ele parece ficar um pouco mais quente e usar mais bateria do que o Windows ... mesmo com tudo nas configurações mais baixas. Não tenho certeza do que está acontecendo lá.