Usando rsync :
rsync -av --files-from=filelist.txt . remote:/some/location/
Execute isso no diretório em que você executou find , a raiz dos diretórios, onde o filelist.txt está atualmente.
--files-from lê arquivos (separados por nova linha) para serem copiados do arquivo filelist.txt .
--files-from deve sempre usar o caminho relativo (ao contrário de mencionar diretamente), embora você possa ser explícito sobre isso:
rsync -av --relative --files-from=filelist.txt . remote:/some/location/