Eu fui pesquisar o código-fonte do Notepad ++ e parece que o caso de extensão dupla não foi tratado.
A função que determina o carregamento automático da linguagem é "Buffer :: setFileName" (em Buffer.cpp). Essa função procura a extensão parando no primeiro ponto primeiro encontrado começando na última posição, já que usa o Microsoft <"href=" http://msdn.microsoft.com/en-us/library /windows/desktop/bb773587%28v=vs.85%29.aspx">PathFindExtension "function.