Use apenas a versão que deseja usar. Se você ficar com o LTS, fique com ele. Se você quiser que o Ubuntu mais recente use isso. Em geral, não importa qual versão você usa; É claro que quanto mais difícil a sua aplicação, mais dependências, mais você irá se deparar com situações em que um Ubuntu antigo não possui um pacote que você precisa para que ele funcione. Mas a diferença entre 12.04 e 12.10 não é tão grande.
Mesmo se você incluir pacotes disponíveis a partir de uma certa versão do Ubuntu, você mesmo precisará cuidar disso em seu aplicativo, limitar o aplicativo a uma determinada versão do Ubuntu e mais recente ou fornecer uma versão que possa ser usada nessa versão do Ubuntu. É até mesmo possível criar um backport para o seu aplicativo para que você possa fazer com que os usuários o usem no Hardy (mas ... a maioria de nós provavelmente não se importaria com isso;))
Se você quiser no Ubuntu Software Center oficial, você não vai entrar em 12.10 e deve apontar para 13.04 ou 13.10. Desde que você precisa seguir o procedimento oficial para submetê-lo. Você pode pular essas etapas criando um PPA .