Desde que a versão "vanilla" e a versão modificada estejam em dois diretórios diferentes, um comando como o seguinte deve mostrar as diferenças.
rsync -ahPn /path/to/modified/version/ /path/to/vanilla/version/
(isso apenas testa tamanhos e timestamps)
rsync -ahPcn /path/to/modified/version/ /path/to/vanilla/version/
(Isso também fará verificações de hash nos arquivos, o que pode demorar um pouco)
Lembre-se das barras à direita. O Rsync é meticuloso com isso.