Você pode manter seu comando como está e alterar a maneira como os aplicativos estão obtendo foco automático alterando as seguintes configurações.
Abra um terminal e digite:
dconf write /org/compiz/profiles/unity/plugins/core/focus-prevention-level 0
Para restaurar o comportamento inicial:
dconf write /org/compiz/profiles/unity/plugins/core/focus-prevention-level 1