Alguns BIOS têm opções para gerenciar os ventiladores, e algumas placas-mãe podem controlar os ventiladores usando software. De acordo com o meu conhecimento, o YouTube não se aproveita de uma GPU ainda, e quando isso acontecer, vai depender de Flash v. 10 ou posterior, por isso, se você não tiver o Flash 10 ou posterior, tenho certeza de que esse não é o problema.
41 ° C é muito bom para uso regular; os fãs não deveriam estar ficando loucos assim.
Ah, e algumas placas-mãe podem controlar apenas uma ou duas ventoinhas, então tente conectar a ventoinha em outra porta se ela estiver na placa-mãe.