Você deve ter a oportunidade de "pular" a operação do CHKDSK antes de iniciar, mas, quando estiver em execução, o teclado é ignorado com o Windows XP e superior quando é iniciado como parte do processo de inicialização.
Não há nada errado com a detecção de entrada - o teclado é ignorado enquanto o CHKDSK está em execução, e até mesmo o CTRL-C não parece fazer nada do que eu me lembro.