Ele funcionará, mas como você o configura depende do sistema operacional. No Windows, todos os monitores anexados são tratados como uma "tela", portanto, dependendo do layout, várias telas podem compartilhar uma borda (por isso, se você tiver duas telas lado a lado, haverá apenas uma borda "superior". Se quiser dividir isso para que a subida em qualquer tela vá para um monitor diferente, você precisará editar o arquivo de configuração e usar arestas parciais.)
No Linux com Xinerama (ou nVidia TwinView), isso é o mesmo, mas se você usar telas X11 separadas (também conhecido como modo Zaphod, em que não é possível arrastar janelas entre monitores e DISPLAY =: 0.1,: 0.2 etc. ) então ele se comporta de maneira bem diferente e você pode precisar executar uma instância do Synergy para cada tela.
Não tenho certeza sobre um Mac com vários monitores, mas suponho que seja o mesmo que o Windows e o Linux com o Xinerama.
Isto está assumindo que os monitores formam um retângulo mais ou menos completo sem intervalos (por exemplo, todas as telas estão em uma linha). Se o PC com três telas não os tiver em uma linha (por exemplo, dois lados por lado e um acima), em seguida, torna-se muito mais complexo e pode não ser possível alternar telas de cada borda do monitor que você gostaria de fazer.