Parece que resolvi isso. Limpei alguns registros de falhas antigos do armazenamento de variáveis EFI e atualizei meu carregador de inicialização (estava usando o Gummiboot, que foi substituído pela inicialização do systemd).
Eu acredito que a parte que fez isso foi atualizar o gerenciador de inicialização, mas eu não posso ter certeza desde que eu fiz os dois tão juntos. Quando o gerenciador de partida foi atualizado, ele limpou todos os itens do menu de inicialização que o gerenciador de inicialização havia rastreado todo esse tempo, o que pode ter algo a ver com isso.