Geralmente é para verificar a integridade de seus arquivos, para se certificar de que eles não são carregados com um vírus ou algo parecido. Observe como quando você inicializa, ele diz 'Checking files' ou algo parecido (eu uso o Tixati, então provavelmente é outra coisa.)? É por causa disso, assim como para ver se você tem a coisa toda baixada.