Eu tive esse problema por um longo tempo com a mesma configuração exata. Mudei meu servidor syergy para minha caixa do windows e coloquei 'synergyc (hostname)' nos meus scripts de inicialização na minha caixa do Ubuntu. Eu tive 0 problemas desde eles. O servidor Synergy no lado do Linux parece não ser tão maduro quanto na plataforma Windows, no entanto, o cliente de sinergia funciona perfeitamente para o meu Ubuntu e Ubuntu.