Esse filtro do DirectShow pode ajudar, dependendo se o Flash usa o DirectSound: link
Se isso não acontecer, não sei mais o que sugerir, a menos que seu software de driver tenha suporte para compressão de faixa dinâmica - pode valer a pena identificar o chip de som e baixar o conjunto de software necessário do fornecedor, às vezes, eles terão uma opção de equalização de intensidade em seu pacote de software.
No entanto, uma coisa a notar é pelo menos no Windows 7, a compensação de volume está embutida no sistema operacional.