Acho que o GParted está se movendo a cada bit para a direita, o que levará uma eternidade com algumas centenas de gigabytes. Você pode acelerar o processo simplesmente fazendo o backup da pequena quantidade de arquivos, reformatando e recriando as partições e voltando. Provavelmente teria sido melhor, já que começar de novo é sempre bom.
Apenas uma nota: NÃO interrompa o GParted! Fazer isso provavelmente corromperá sua tabela de partições ou outras partes importantes do disco.