Primeiro, pensei que você poderia impedir que o intervalo fosse executado, mas isso só funcionará se você puder acessar o contexto da variável timer .
/* your code in another file */
clearInterval(timer);
Minha próxima ideia é redefinir a função autoRefresh . Parece que isso pode ser feito porque o intervalo está se referindo a autoRefresh em uma string em vez de usar uma função, como
setInterval(function(){ autoRefresh(); }, 1000 * 60 * 3);
De qualquer forma, você teria que redefinir o autoRefresh assim:
autoRefresh() { }