SetFile é seu amigo. Isso altera os atributos do arquivo para o meu Mac, mas não afeta nada para as máquinas Windows.
Em uma janela de terminal, vá para a pasta que você quer esconder as coisas (eu só fiz isso na pasta que estou tendo problemas e digite o seguinte
SetFile -a V *\:com.dropbox.attributes && SetFile -a V **/*\:com.dropbox.attributes
Há, sem dúvida, uma maneira de escrever isso em um comando, mas isso funciona o suficiente para minhas necessidades