Quando um processo já está em execução, você pode chamar o gerenciador de tarefas (ou Process Explorer ) para diminuir sua prioridade para ocioso. Isso normalmente faria com que esse processo não sobrecarregasse 100% da CPU, já que ele deveria ser o último na prioridade dos processos.
No entanto, não sei como forçar uma prioridade para um processo específico, pois as próximas vezes serão abertas. Talvez outra pessoa tenha uma maneira de fazer isso.
Editar: Esta outra pergunta parece ter uma boa resposta sobre como salvar uma prioridade para um processo em particular.