O backup de aplicativos não é direto. Cada aplicativo consistirá em pelo menos uma pasta, seus arquivos, mais permissões e, possivelmente, algumas entradas de registro relacionadas e atalhos. Alguns aplicativos também podem instalar ou exigir alguns componentes adicionais. Esses componentes podem ser instalados em outro lugar no sistema; realisticamente, você não tem como saber se, onde e como voltar a esses também.
Se você estiver atrás de uma estratégia de recuperação de desastres de "base", use uma ferramenta de backup baseada em setor para copiar sua unidade do SO, setor a setor, para um disco rígido USB. Já fiz isso antes, e funciona bem, mas hoje em dia quase não me incomodo, apenas faço backup do meu "conteúdo", mas não de apps, para o pendrive ou para o Cloud.