O Zip seria mais eficiente. Não só por causa da compactação, mas por causa de como os discos são dispostos. Todo arquivo é uma série de blocos. O último bloco pode não estar totalmente cheio. Com um zip enorme, você só tem um 'último bloco', mas como arquivos individuais, cada um teria um último bloco parcialmente vazio.
Segurança, os zips são mais arriscados. Se um único byte falhar por uma imagem, você provavelmente nunca notará isso. Se um único byte falhar em um zip, ele poderá corromper uma grande quantidade de arquivos no zip. Lembre-se de que a mídia ótica se degrada, e uma queima limpa agora não significa que você nunca terá problemas no futuro.
Minha ligação pessoal seria de arquivos individuais. Não só um pouco mais seguro, mas também mais fácil para procurar arquivos individuais mais tarde. Você vai esquecer o que está no disco, e navegando dirs e nomes de arquivos mais fácil do que lembrar o que diabos 'backup 2010-12-15', na verdade.
EDITAR: A eficiência da compactação depende, obviamente, dos arquivos que você está compactando. Se os arquivos já estiverem compactados (arquivos de imagem, vídeos, arquivos docx já estão compactados), haverá pouca compactação adicional. Você ainda terá o benefício de menos "últimos blocos parcialmente preenchidos"