Sim, é possível instalar o Windows no Ubuntu e ainda assim escolher o seu SO na inicialização.
Quando você instala o Windows, porém, ele sobrescreve o grub com seu mecanismo de inicialização, fazendo com que o computador seja inicializado imediatamente no Windows na inicialização.
Após o Windows ter sido instalado, você precisará reinstalar o grub para corrigir o problema. Você pode usar qualquer CD ou drive flash do Ubuntu para fazer isso.
Para instruções detalhadas, veja esta questão respondida no Fóruns do Ubuntu .