Você pode usar o botão do meio do mouse, eu uso isso o tempo todo em desktops baseados no GNOME, pode funcionar em outros, mas eu não tentei.
Quando você realça algum texto, ele é copiado na área de transferência do meio do mouse e, quando você deseja colar o que você realçou, você pressiona o botão do meio do mouse.
A área de transferência intermediária do mouse não sobrescreve o que você tem no menu / clique direito do mouse - edite a área de transferência para que você possa armazenar coisas diferentes em ambas as pranchetas. Eu acredito que a prancheta normal substitui o que você tem a prancheta do meio do mouse quando você copia as coisas para ele.