Sim, como mencionado por Ignacio, a função de conversão do ImageMagick pode fazer isso.
Se você tiver acesso a um shell baseado em Unix, por exemplo Linux ou Mac terminal, algo como isso vai fazer:
cd folder-with-the-png-files
for i in *.png; do convert $i -resize 50% ${i/.png/}.resized.png; done
O comando acima irá redimensionar todas as imagens da pasta e salvá-las como xxx.resized.jpg.
Note, entretanto, que você pode precisar instalar o ImageMagick primeiro ...