Você pode informar ao Windows como seus monitores são orientados.
- Clique com o botão direito do mouse na área de trabalho e selecione "Resolução da tela"
- Na caixa superior, mostrando os monitores, clique e arraste e organize as exibições para corresponder à configuração real (você pode querer clicar em "Identificar" para saber qual delas o Windows considera como 1 e 2)
- Clique em OK
As coisas devem funcionar como esperado.