O conceito de "área de trabalho do computador" como uma experiência de usuário único é aparentemente profundamente enraizado em você. Não há nada de errado em ter todos os seus dados "externos" do seu diretório pessoal - na verdade, isso é ótimo. Eu acho que o que você precisa fazer é decidir o que deve e não deve estar em seu diretório pessoal fornecido.
Nada impede que você crie diretórios stub vazios que residem dentro do diretório base do root e, em seguida, montem seus dados externos nele. Nada impede que você mantenha o sistema de montagem do OS X existente que aparece em / Volumes. O que você está dizendo é que você está lutando com você mesmo e como você gerencia o sistema.
Se você quer ser um verdadeiro purista, você teria uma conta regular para as atividades do dia-a-dia e manteria o controle sobre o que deveria ser - a conta que administra o sistema, não a conta da web navegação. A ideia ajuda a delinear o que é e o que não é "seu", e torna muito mais claro o manuseio de seus dados (e quem é o proprietário). Mas isso também parece perdido para você, em virtude de querer ser raiz.
Ser root o tempo todo se torna um hábito quando você precisa administrar um servidor todos os dias. Eu sei porque eu faço isso - é uma parte do trabalho. Mas quando chego em casa e inicio a instalação do Linux, uso minha conta "normal" e não me incomodo em ser root. Um pouquinho de autodisciplina irá ajudá-lo a superar isso, e acredite em mim, você irá mais longe.
Um acompanhamento sobre o manuseio de armazenamento de dados e partições:
Isso não é o Windows ou o DOS. Isso é poder no seu mais puro. Você pode mesclar diferentes unidades e volumes em qualquer parte do sistema. Um diretório em qualquer lugar pode, por sua vez, ser realmente uma unidade separada, e é essa visão de árvore unificada do sistema de arquivos que o deixa perplexo um pouco. Você é um pouco como alguém que esteve preso toda a sua vida e uma vez que os grilhões foram removidos, você não está muito certo sobre por onde começar, então você sente que deveria continuar a usar os mesmos métodos que está acostumado a usar. Bem ... tempo para algum pensamento lateral. :)
O sistema é praticamente seu. Não há alguém em pé sobre o seu ombro, observando o que você faz e digitando nele, nem existe o código de inúmeros programadores deixando fantasmas na máquina para impedi-lo de fazer alguma coisa. Você tem, em um sentido muito real, poder absoluto e definitivo sobre seu hardware. E com isso, o poder absoluto pode ser completamente libertador, ou completamente corrompido. O pouco mais cedo sobre não usar root para tarefas diárias - existem muitas boas razões para isso.
O gerenciamento de dados é apenas uma das facetas de um sistema que evoluiu mais ou menos organicamente ao longo de décadas por centenas de pessoas que aplicaram sua percepção a ele. Parte desse gerenciamento de dados é o entendimento de que outras pessoas podem estar morando aqui e, como tal, você deve ter algumas regras básicas sobre o que é "meu e teu". É aí que entram os diretórios home. O objetivo inteiro de / home era fornecer o que seu apelido significava - uma casa para os usuários estarem, um lugar para "manter as coisas" e "fazer as coisas", e um lugar para o preferências do usuário.
A raiz precisa de um lar em si, porque, bem, não é da conta de outra pessoa o que o administrador está fazendo, eles têm seus próprios programas e dados para lidar. O mesmo conceito de raiz que precisa de seu próprio diretório home segue adiante, porque enquanto o root é uma conta especial, ele ainda é apenas uma conta, instigando um com superpoderes especiais.
Mas existem outras boas razões para não ser root o tempo todo. Execução de softwares que podem ter vulnerabilidades potenciais para ataques externos enquanto o root abre seu sistema para ataques comprometidos com a mesma potência que o root - o que significa controle total. A separação tão privilegiada é uma coisa muito importante no Unix-land e com boas razões.
Se tudo mais falhar, e você estiver tendo alguns problemas tentando digerir holisticamente esses conceitos, você pode querer ler um ensaio antigo (e um tanto datado) chamado No começo foi a linha de comando , que pode ser baixada on-line, gratuitamente, do autor. Embora seja antigo, ainda é relevante hoje e, dentro de você, você começará a ter uma ideia do que está procurando.