Eu usei a MFT para limpar o espaço livre com o CClean. (Isso leva uma eternidade, até vários dias.)
Antes de executar o wipe, eu poderia facilmente obter uma lista completa de arquivos excluídos anteriormente com o Recuva, apesar dos arquivos terem vários anos e serem substituídos várias vezes após a recuperação. Isso ocorre porque o Recuva pega a lista de arquivos da MFT. link (A menos que você execute o deepscan, que realmente passa pelo disco, vendo o que está lá. Isso também leva uma eternidade, no entanto.)
Depois de executar o MFT, limpe o espaço livre com o CClean, o Recuva não encontra nada. Não sem deepscan de qualquer maneira. Portanto, estou bastante certo de que o CClean também considera a MFT enquanto limpa.