Uma boa maneira de se proteger contra isso é criptografar o conteúdo do seu disco rígido usando um aplicativo como TrueCrypt e configurar uma senha. Isso significaria que, mesmo que esse programa esteja ignorando o Windows, o TrueCrypt criptografará a unidade e deverá saber essa senha para contornar isso.
Embora isso mitigue os ataques, não é uma prova de idiotas, pois há alguns ataques conhecidos contra TrueCrypt também.