O formato Mbox é um arquivo de texto simples, portanto, mesmo com um editor de texto, você pode ver seus e-mails. Bem ... você precisará do visualizador de HTML se tiver recebido e-mails em html e alguns decodificadores para recuperar os anexos. Mas até que os padrões de e-mails reais continuem os mesmos, você sempre tem algumas ferramentas para decodificar os arquivos.
O PST pode ter vários aplicativos, mas não é um arquivo de texto simples.
Sobre o POP3, é apenas um protocolo para o seu cliente de email se comunicar com o servidor e também pode ser IMAP ou MAPI (no caso de servidores de troca). Como o cliente de email salva o email é o que dissemos antes. O Thunderbird usa mbox (como alguns servidores de e-mail unix), PST no caso do Outlook, e até mesmo o Evolution tem alguns outros formatos além do mbox, incluindo um único arquivo por mensagem.