O H.264 não é um codec aberto. A patente é de propriedade da MPEG LA, que há vários anos permite que ela seja usada mais ou menos livremente. No entanto, isso pode mudar a qualquer momento. Então, em vez de padronizar em um codec que pode ou não ser gratuito amanhã, a equipe do Chrome decidiu basear todos os seus vídeos em um padrão aberto.
Por um lado, isso é bom porque o Theora e o WebM são padrões abertos que qualquer um pode usar. Por um lado, é ruim, porque não é um padrão da indústria como o H.264 se tornou. Mas isso pode mudar lentamente.
Ainda pior, nem todos os navegadores suportam atualmente o mesmo codec de vídeo para HTML5. Como você pode imaginar, essa é uma grande dor de cabeça para os desenvolvedores da Web que desejam aproveitar o vídeo em HTML5. O Internet Explorer usa o H.264, o Chrome usa o Theora e o WebM, o Firefox usa o Theora, o Opera usa o Theora e o WebM, e o Safari usa o H.264.