NB: uma maneira mais rápida seria adicionar um link para o arquivo em C:\Users(User-Name)\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup
Com relação à sua pergunta: você pode adicionar o caminho para o aplicativo no registro do Windows:
1) clique em Iniciar
2) digite regedit e pressione enter
3) vá para
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
4) No painel direito de Executar, clique com o botão direito em um espaço em branco e adicione uma nova chave, contendo o caminho para o seu aplicativo
Guia detalhado aqui .