Esta foi uma decisão explícita da equipe do IE, feita principalmente devido à escassez de complementos disponíveis na época (como o Flash) e ao risco de usuários não experientes ficarem "presos" com o IE de 64 bits. seu navegador padrão e não sabe como consertá-lo. Com mais add-ons disponíveis em variedades de 64 bits, essa decisão pode mudar em algum momento. ( Fonte )
Q: Why isn't 64bit IE the default browser? Why can't I set the 64bit version of IE as the default browser?
A: This was an explicit choice made by the IE team, which may change at some point in the future. The problem is that users might inadvertently get "stuck" using the 64bit version and not realize it. This might cause some problems.
Q: Why? What does not work properly with 64bit IE?
A: Browser addons, including BHOs, Toolbars, and ActiveX controls, must generally be the same bitness as IE itself. So, if you are running a 64bit version of IE, any site that uses, say, Adobe Flash, isn't going to work until you install the 64bit version of the addon. Sadly, almost no browser addons are currently available in 64bit versions, although that's somewhat likely to change in the future as 64bit Windows becomes more prevalent.
Se eu tivesse que arriscar um palpite, o mais cedo possível seria a opção 10 do IE no Win 8. O Win 7 também pode ser usado, mas o Vista nunca o fará. No entanto, eu não ficaria surpreso se for preciso até o IE 11 antes que a possibilidade de um navegador padrão do IE de 64 bits seja disponibilizada.