O Pidgin está planejando implementar registro remoto em um lançamento de recurso do libpurple, embora até onde eu sei, não há roteiro definido.
Se você quiser fazer o backup de seus arquivos de log do Pidgin, basta copiar os arquivos de log do diretório ~/.purple/logs/
para onde quer que você queira fazer o backup deles. Você poderia colocá-los em um sistema de controle de revisão como o SVN também.