Se você usa o modo de pesquisa "expressão regular":
(\r\n\s*$){2,}
Encontrará todas as instâncias de 2 ou mais linhas em branco, incluindo aquelas que apenas têm espaços na linha.
E.G. usando uma substituição de \r\n
something
something else
another thing
Another
Another thing
Torna-se
something
something else
another thing
Another
Another thing