Supondo que você esteja no Windows, escreva um script para excluir as pastas em questão. Você também pode fazer isso ao iniciar a criação da (s) pasta (s) (se aplicável à sua situação).
Abra gpedit.msc (Políticas locais) - > Configuração do Computador - > Configurações do Windows - > Scripts - > Desligamento / inicialização - > Adicionar