Você não pode "entrar" na sua BIOS sem reiniciar. No entanto, as configurações do BIOS podem ser alteradas durante o tempo de execução. Depende muito do BIOS que você está executando. Dê uma olhada aqui: link para mais informações.
Além disso, muito do que você pode querer mudar é exportado para / proc e / ou / sys e pode ser alterado com bastante facilidade. Muito disso depende do fornecedor da sua placa-mãe. Para a Dell (usado apenas como exemplo), há libsmbios que já lhe dá a possibilidade de editar algumas configurações do BIOS.