Nem todos esses arquivos são criados por padrão, alguns são criados apenas quando você acessa o diretório com um aplicativo específico, mas uma rápida explicação deles:
.com.apple.timemanachine.donotpresent - Desativa a caixa de diálogo Time Machine, que pergunta se você gostaria de usar esse disco específico para fazer o backup dos dados.
.DS_Store - Criado pelo Finder quando você abre um diretório. Ele armazena informações sobre a pasta (opções de visualização, posições de ícones, etc.).
.fseventsd - criado pelo daemon fseventsd. Ele contém dados sobre eventos do sistema de arquivos, como modificações, exclusão, criação, etc.
.Spotlight-V100 - armazena informações de indexação para holofotes na forma de metadados.
.Trashes - Uma pasta contendo arquivos que foram enviados para o lixo, mas que ainda não foram excluídos do volume.
Não há problema em excluí-los. No entanto, as configurações que você tem atualmente para a pasta serão apagadas. Todos os arquivos desse volume que você enviou para a lixeira serão excluídos permanentemente. Eu sugiro mantê-los.