Aplicativos compilados especificamente para o X64 devem ter melhor desempenho, já que não exigiriam uma camada de emulação.
Fornecedores de software que fornecem edições de 32 e 64 bits de seus produtos provavelmente o fazem com boas razões. Por exemplo, eles poderiam estar ajustando um algoritmo para usar variáveis de ponto flutuante de tamanho diferente ou endereçamento de memória que geram maior desempenho.
Alguns fornecedores também podem fornecer um "log de alterações" que descreve as diferenças entre as duas versões, que podem ser revisadas.
Eu pessoalmente sempre escolho instalar a versão x64, se disponível.