Suponho que você esteja falando do bip do alto-falante do PC, porque o bipe em um alto-falante conectado seria fácil de remover apenas desligando os alto-falantes.
Veja esta resposta na falha do servidor, mas o jist dele é:
modprobe -r pcspkr
na linha de comando e adicione
blacklist pcspkr
para o arquivo /etc/modprobe.d/blacklist.conf
.
Novos kernels usam o módulo snd_pcsp
, então se não funcionar, tente as mesmas duas coisas acima, exceto com snd_pcsp
no lugar de pcspkr