Normalmente, se você fizer backups incrementais, só armazenará os arquivos realmente alterados de alguma forma (como um arquivo tar), enquanto os arquivos inalterados estiverem armazenados apenas nos arquivos de backup anteriores. Dessa forma, você precisaria de todos os arquivos de backup para uma recuperação e nunca poderia excluir backups antigos. Como isso não é praticável, você precisa fazer novos backups completos após algum tempo.
O que você está usando é mais avançado (rsnapshot?), em que você sempre armazena um conjunto completo de dados, mas mantém a sobrecarga mínima ao compartilhar dados entre backups por meio do uso de links físicos. Dessa forma, você pode excluir backups antigos sem invalidar os atuais. Então o argumento usual não conta.
Editar:
o rsnapshot funciona assim:
A primeira vez que cria uma cópia completa usando o rsync.
Qualquer backup depois disso cria uma nova árvore de diretórios completa, na qual todos os arquivos são hardlinks para o backup anterior. Depois disso, os arquivos alterados são substituídos executando o rsync sobre essa árvore.
Assim, cada backup é concluído, mas compartilha dados com backups mais antigos. Se você excluir um backup mais antigo, somente os arquivos que forem diferentes em todos os outros backups serão realmente excluídos. Para os arquivos compartilhados, apenas a contagem do link físico seria reduzida em 1.
A sobrecarga de um backup é a árvore de diretórios adicional que também usa algum espaço, é claro. Mas você pode excluir árvores de backup antigas sem afetar as restantes para recuperar esse espaço.
A descrição da sua estratégia de backup soa como rsnapshot para mim.
Edit2:
Se você estiver preocupado com a podridão de bits - ou seja, se os arquivos de backup existentes estão sendo corrompidos - você pode adicionar a opção -c ao rsync, que cria somas de verificação MD5 em arquivos locais e remotos. Isso aumentaria significativamente a E / S do disco, já que todos os arquivos teriam que ser lidos. Mas o tráfego na rede aumenta apenas ligeiramente, pois apenas as somas de verificação de todos os arquivos precisam ser transmitidas adicionalmente. Isso removeria o último motivo de um novo backup completo.