A menos que você desative o FireWire (suponho que a placa principal desativará o conector quando você fizer isso), ele deve continuar funcionando bem. Além disso, certifique-se de que o Windows não tenha permissão para ligar a interface do conector / FireWire para garantir a energia, isso pode fazer com que a placa principal deixe cair a energia no conector.
No entanto, lembre-se que a maioria dos conjuntos de resfriamento tem ventiladores que são regulados com base no chipset / temperatura do núcleo. A maneira como sua ventoinha está conectada manterá o ventilador girando o tempo todo.
Eu tentaria procurar um ventilador de refrigeração adequado. Esta solução alternativa deve ser mantida, mas é claro que não é uma solução preferida.