Este tópico no ubuntuforums resolve o problema com o synaptic: link
Entre no synaptic
Selecione a guia "origem" no canto inferior esquerdo. Lá você pode verificar se você tiver algum pacote instalado de um repositório específico.
Se você encontrar algum repositório que não precisa mais, pode ir para "fontes de software" no "menu de administração" e remova-as de lá.
Se você não quiser removê-los completamente, basta desmarcar a caixa para desativá-los.
Eu recomendaria que você desinstale qualquer pacote de um repositório que deseja remover, pois você não receberá mais atualizações para eles.